Four　flavonoids　(rutin,　hyperoside,　quercitrin　and　quercetin)　in　Houttuynia　cordata　Thunb.　and　Saururus　chinensis　(Lour.)　Bail.　were　determined　by　capillary　electrophoresis　with　wall-jet　amperometric　detection.　The　working　electrode　was　a　500　μm　diameter　carbon　disc　electrode　and　the　detection　potential　was　+0.95　V　(versus　Ag/AgCl).　Effects　of　several　important　factors,　such　as　the　running　buffer　and　its　corresponding　pH　and　concentration,　separation　voltage,　injection　time　were　investigated　to　acquire　the　optimum　conditions　for　separation　of　these　four　flavonoids.　Baseline　separation　for　the　four　flavonoids　was　obtained　within　21　min　in　a　60　cm　length　capillary　at　a　separation　voltage　of　15　kV　with　a　60　mmoL/L　Na2B4O　7-120　mmoL/L　NaH2PO4　buffer　(pH　8.8)　as　running　buffer.　The　relationship　between　peak　currents　and　analyte　concentrations　was　linear　over　about　two　orders　of　magnitude　with　detection　limits　(defined　as　S/N　=　3)　ranging　from　0.02　to　0.05　μg/mL　for　all　analytes.　This　method　was　applied　for　the　determination　of　the　above　four　flavonoids　in　H.　cordata　Thunb.　and　S.　chinensis　(Lour.)　Bail.　with　simple　extraction　procedures,　and　the　assay　results　were　satisfactory.　©　2005　Elsevier　B.V.　All　rights　reserved.