城乡融合系统被认为是全新认识和理解现代城乡关系的理论依据。为深入理解城乡融合发展的复杂过程机理及其组织规律，本文从系统论的视角出发，对城乡融合系统进行了理论阐释、结构解析及运行机制分析。首先，基于人地关系地域系统理论和城乡融合系统设计基本思想，对城乡融合系统的科学内涵进行了理论阐释；其次，在可持续性科学的整体框架下，对城乡融合系统的结构进行了解析；最后，以“要素→结构→功能”为主线设计构建了城乡融合系统运行机制模型，并对城乡融合系统的动力机制及传导机制进行了分析。本文初步构建了基于城乡融合系统的城乡关系分析理论框架，研究成果有利于拓展现有城乡地域系统理论，对城乡融合理论发展和新时代城乡融合的有序推进具有一定的理论参考价值。