针对龙头水滞留带来的水质生物稳定性问题，选取三种末端供水方式（集中式供水、二次供水、过滤器出水）的龙头水为研究对象，运用高通量测序技术全面探索和比较了水滞留导致的水中微生物群落结构的变化。结果表明：在细菌方面，滞留后三种末端供水方式的龙头水中均以假单胞菌属为主，一些条件致病菌属，如副衣原体属、军团菌属、分枝杆菌属等也被检出。三种供水方式中，二次供水表现出较低的物种丰富度和较高的生物多样性，且其群落结构与另外两种方式显著不同。在古菌方面，滞留前集中式供水以西藏嗜盐碱球菌属为主，二次供水主要为未鉴定菌属，过滤器出水主要为甲烷食甲基菌属；滞留后，仅集中式供水和过滤器出水的古菌群落结构发生改变，均以产甲烷古菌为主，而二次供水则以氨氧化古菌为主。该研究成果有助于掌握饮用水中微生物信息，并可为解决水滞留带来的饮用水生物安全问题和健康风险评估提供基础数据及参考。