可再生能源和规模化电力电子设备的大量并网使得谐波源的行为分析和模型构建愈加困难，现有的模型均为精确值估计，难以充分反映未考虑到的物理因素对谐波源特性的不确定性影响，且通用性、自适应能力有限。针对上述问题，文中提出一种基于高斯过程回归的谐波源不确定性通用模型。首先，将谐波源谐波电流、电压之间的线性依赖关系内嵌至高斯过程的均值函数；其次，选取合适的协方差函数来体现谐波源在不同工作条件下谐波性质的相似程度；再次，用极大似然法求解模型参数，对谐波电流进行区间预测；最后，针对模型无法反映谐波特性动态变化的问题，提出一种模型在线更新策略，使得模型能够准确跟踪监测对象的谐波特性。通过实测电弧炉数据、12脉波整流装置及含多谐波源复杂网络的仿真数据验证方法用于单谐波源和复杂多谐波源建模的可行性。算例结果表明，所提方法能够反映谐波特性的不确定性行为，能够跟踪谐波特性的变化，且具有精度高、通用性强等特点。