文章针对现有逆DEA方法无法处理包含非期望产出的两阶段生产系统的资源优化配置的问题,提出了包含非期望产出的两阶段生产系统环境资源优化配置方法,以分析各子系统内的资源优化配置问题.在此基础上,放松了生产前沿面不发生变化的约束,进一步提出了考虑前沿面变化和包含非期望产出的两阶段生产系统环境资源优化配置方法,以分析两阶段生产系统未来的资源优化配置问题.两种方法相互补充,打开了两阶段生产系统复杂内部结构的＂黑箱＂,能够获取更加全面和准确的决策信息,为决策者合理配置资源和制定发展目标与规划提供有力的支持工具.最后,对我国各省、自治区、直辖市的工业生产系统中的经济发展子系统和环境保护子系统的资源优化配置问题进行分析,以验证方法的合理性和有效性.