农业面源污染已成为制约我国农业可持续发展的重要因素，为了有效剖析其内部影响机理。本研究从地方政府与农民两大博弈主体的行为互动入手，在假设参与主体均为有限理性的前提下，将进化博弈理论应用于地方政府与农民，构建了双方的演化博弈模型，通过分析双方的复制动态方程，得到了两种稳定的演化策略，并进行数值模拟分析，探讨博弈双方的策略稳定性以及各因素对策略选择的影响。研究得出：经济系数权重对地方政府策略选择的影响大于环境质量权重，并且权重提升对农户策略选择产生的影响效果不同；减少地方政府监管成本支出有利于提升农户积极治理农业面源污染的概率；地方政府对农户的处罚与激励都会对农户决策产生影响，但是合理的政策才能使地方政府与农户偏向最优均衡。