药物分子计算机辅助设计是一种在计算机或者理论上通过构建具有一定潜在药理活性的新化学实体的分子模拟方法。近十几年来，高通量组学技术的快速发展为生物和化学药物分子设计提供了良好的数据支撑和研究契机。另外，现代社会对生物制药合理性以及作用机理理解的要求越来越高，行业普遍要求药物需要有高效、无毒或者低毒以及靶向性强等特点。随着越来越多与药物靶点相关的蛋白质结构通过实验方法解析出来，基于蛋白质受体的药物分子设计方法可行性进一步提高，其方法也变得越来越重要。基于蛋白质受体的药物分子设计方法，一般是以蛋白质以及配体的三维结构出发进行分析，这让药物分子先导物的发现更加理性化。随着相关实验数据的积累以及深度学习等算法的发展，从而可以进行更加科学的药物分子设计，这在一定程度上加快了新药研发的进程，并更有利于探索相应的分子机理。本文对基于蛋白质受体的药物分子设计方法的常用策略进行系统的回顾、总结和展望。