Biogeochemical　processes　mediated　by　plants　and　soil　in　coastal　marshes　are　vulnerable　to　environmental　changes　and　biological　invasion.　In　particular,　tidal　inundation　and　salinity　stress　will　intensify　under　future　rising　sea　level　scenarios.　In　this　study,　the　interactive　effects　of　flooding　regimes　(non　-waterlogging　vs.　waterlogging)　and　salinity　(0,　5,　15,　and　30　parts　per　thousand　(ppt))　on　photosynthetic　carbon　allocation　in　plant,　rhizodeposition,　and　microbial　communities　in　native　(　Phragmites　australis　)　and　invasive　(　Spartina　alterniflora　)　marshes　were　investigated　using　mesocosm　experiments　and　13　CO　2　pulse　-labeling　techniques.　The　results　showed　that　waterlogging　and　elevated　salinity　treatments　decreased　specific　root　allocation　(SRA)　of　13　C,　rhizodeposition　allocation　(RA)　13　C,　soil　13　C　content,　grouped　microbial　PLFAs,　and　the　fungal　13　C　proportion　relative　to　total　PLFAs-　13　C.　The　lowest　SRA,　RA,　and　fungal　13　C　proportion　occurred　under　the　combined　waterlogging　and　high　(30　ppt)　salinity　treatments.　Relative　to　S.　alterniflora　,　P.　australis　displayed　greater　sensitivity　to　hydrological　changes,　with　a　greater　reduction　in　rhizodeposition,　soil　13　C　content,　and　fungal　PLFAs.　S.　alterniflora　showed　an　earlier　peak　SRA　but　a　lower　root/shoot　13　C　ratio　than　P.　australis　.　This　suggests　that　S.　alterniflora　may　transfer　more　photosynthetic　carbon　to　the　shoot　and　rhizosphere　to　facilitate　invasion　under　stress.　Waterlogging　and　high　salinity　treatments　shifted　C　allocation　towards　bacteria　over　fungi　for　both　plant　species,　with　a　higher　allocation　shift　in　S.　alterniflora　soil,　revealing　the　species　-specific　microbial　response　to　hydrological　stresses.　Potential　shifts　towards　less　efficient　bacterial　pathways　might　result　in　accelerated　carbon　loss.　Over　the　study　period,　salinity　was　the　primary　driver　for　both　species,　explaining　33.2　-50.8　%　of　13　C　allocation　in　the　plant　-soil　-microbe　system.　We　propose　that　future　carbon　dynamics　in　coastal　salt　marshes　under　sea　-level　rise　conditions　depend　on　species　-specific　adaptive　strategies　and　carbon　allocation　patterns　of　native　and　invasive　plant　-soil　systems.