【目的】在全球气候变化和人类活动对水生态环境影响日益加剧的背景下，赤潮的发生频率和规模逐年上升，已成为威胁海洋生态环境、社会经济可持续发展和公共卫生安全的重大生态灾害。福建作为中国的海洋大省，其海水养殖业的发展受到赤潮的显著制约。为实现赤潮灾害的早期监测和预警，亟需一种准确、快速且特异的有毒（害）藻类检测技术。【方法】本研究以米氏凯伦藻（Karenia　mikimotoi）、剧毒卡尔藻（Karlodinium　veneficum）和短凯伦藻（K.　brevis）为代表，通过现场赤潮样品和试点应用测试基于重组酶介导等温核酸扩增（RAA）和LbCas12a核酸酶的藻类快速检测方法。RAA-LbCas12a方法的主要原理是在目标藻种的内转录间隔区（ITS）的特异性区间设计扩增引物和crRNA，实现靶标核酸的快速扩增和特异性识别，并使用侧流层析试纸条实现检测结果的可视化。【结果】在现场赤潮样品测试中，即使藻细胞浓度低至10个/mL（仅占赤潮样品细胞总量的0.1%），该技术也能准确检测目标藻种。在为期65　d的试点应用中，本研究多次检测到环境样品中的目标藻种，其结果与基于胶体金免疫的赤潮快速检测试纸条及显微镜观察结果基本一致，且未出现明显的假阳性结果。【结论】现场应用数据表明，RAA-LbCas12a技术具有出色的灵敏度、特异性、可靠性和操作简便性，在赤潮藻种的现场检测中展现了广泛的适用性。该技术仅需一个便携式快速检测工具箱，即可供一线检测人员快速开展有毒（害）赤潮藻种的现场检测工作，为提升赤潮监测预警能力和海洋生态灾害防控水平提供了重要支撑。