收集10种典型红曲(5种古田红曲和5种乌衣红曲),采用不基于培养的微生物分子生物学方法分析其真菌菌群结构.通过PCR-DGGE技术测定,结果表明相比于古田红曲,乌衣红曲具有更高的真菌丰度、多样性及均匀性.对DGGE电泳谱图通过主成分分析和聚类分析发现,古田红曲和乌衣红曲的真菌菌群结构具有显著性差异.通过qPCR技术对红曲黄酒酿造用曲中的优势真菌(红曲霉、黄曲霉、米根霉和酵母)进行定量分析,结果显示,古田红曲和乌衣红曲中红曲霉的平均菌量分别为(6.07±0.25)1g(CFU/g),(5.82±0.11)lg(CFU/g),两种红曲的红曲霉菌量无显著差异(P＞0.05).古田红曲中黄曲霉的平均菌量为(5.94±1.04)lg(CFU/g),米根霉的平均菌量为(4.65±0.91)lg　(CFU/g),酵母的平均菌量为(3.33±0.99)lg(CFU/g),而乌衣红曲中黄曲霉的平均菌量为(8.21±1.22)lg(CFU/g),米根霉的平均菌量为(6.71±1.27)1g　(CFU/g),酵母的平均菌量为(5.41±0.44)lg(CFU/g),这3类优势真菌在两种红曲中都具有显著差异(P＜0.05).综上所述,红曲具有一定的真菌多样性,其中红曲霉是其主要优势真菌;此外,乌衣红曲与古田红曲的真菌菌群结构具有明显差异,且真菌多样性更高.