针对公交网络中部分线路由于道路交通拥堵导致运行时间过长的问题,从系统最优的角度出发,以提高公交运行效率为目的,建立了基于负面影响的公交专用道优化设置模型.对于经常发生拥堵导致运行时间过长的公交线路,根据需要确定其优化比例(运行时间减少的百分比),在保证优化线路达到优化标准的前提下,实现负面影响最小,负面影响用路段设置专用道后社会车辆增加的旅行时间衡量.并提出cut-and-solve算法对模型进行精确求解.最后,选取合肥市公交网络实例,在大量数据调查的基础上,对模型及其求解算法的有效性进行了验证.计算结果表明:当负面影响达到最小0.25×106　s时,优化线路的运行时间均达到了减少20％的标准,同时优化后的路网总运行时间减少了0.36％,公交总运行时间减少了22.97％.可见,提出的公交专用道设置方法在保障公交运行效率的同时,对社会车辆的影响降至最小.