基于18SrRNA基因序列的PCR—RFLP分型方法分析前期从传统酒曲中分离纯化的16株代表性真菌,发现采用Hinf　I、Hae　Ⅲ和Taq　I　3种限制性内切酶可将不同类型的真菌区分开,甚至是物种极为接近的真菌菌株。比较不同PCR引物(NSl/FRl+、FF390/FRI+、NSl/GCfung和NS3+/YM95lr)对不同真菌菌株的扩增效率及DGGE分离效果的影响,筛选出最适合于红曲黄酒真菌菌群分析的PCR引物-NSl,GCfung。基于18S　rDNA克隆文库RFLP分型结合克隆子测序技术解析红曲黄酒传统酿造体系中的真菌菌群结构,采用引物NSl/GCfung进行PCR—DGGE分析红曲黄酒传统酿造体系中的真菌菌群动态变化.鉴定出传统酒曲以及传统酿造过程中的优势真菌,为全面解析红曲黄酒传统酿造机制,改进传统酿造工艺。提升产品品质等奠定基础。