响应国家“十四五”规划提出加快提升物流上市企业技术创新水平的号召，关注政府补贴和股权集中度这两个重要影响因素，及其对子阶段效率的影响，探究造成我国物流上市企业技术创新效率低下的根本原因。基于2018—2020年我国17家物流上市企业的指标数据，运用多时期网络数据包络分析模型测算企业技术创新效率﹑技术研发效率和成果转化效率，并采用托宾模型和门槛模型分析政府补贴和股权集中度对企业技术研发效率和成果转化效率的影响。结果表明：我国物流上市企业技术创新效率整体偏低，成果转化效率低下是主要原因；政府补贴对物流上市企业成果转化效率具有抑制效应，且受到股权集中度的单门槛调节作用，股权集中度小于等于86.56%时具有微弱的抑制效应，大于86.56%时抑制效应增强。因此，政府应合理配置补贴资源，持续监督企业绩效；物流上市企业应有效利用创新资源，积极增强自主创新能力。